算力赋能,推动生命科学迈入云上新纪元
云端算力助力生命科学研究,实现百万级样本高效处理
某生命科学研究院推出的生物信息分析平台,是一套基于云架构、由人工智能驱动的多组学在线分析系统。该平台以技术创新为支撑、数据资源为助力,为研究人员提供从数据处理到成果输出的一站式解决方案,有效应对组学数据复杂度高、分析门槛大、协作流程繁琐等难题。平台广泛应用于蛋白质结构预测、时空组学、单细胞与基因组分析等领域,并深入延伸至精准医疗等产业化方向,覆盖生命科学多个关键应用场景。截至目前,该平台已高效处理了近千万份样本,被誉为推动生命科学与健康应用发展的“核心引擎”,致力于打通科研与临床之间的壁垒,全面挖掘生命大数据的潜在价值,助力构建人类健康共同体。
在平台卓越性能的背后,是某生命科学研究院与火山引擎的深度技术合作。火山引擎通过提供强大的底层资源支持,将云环境的弹性计算能力与大规模分布式存储技术深度融合,灵活适配从少量样本的机制研究到大规模批量计算等多样化的研究需求。在高并发计算场景中,该平台能够稳定支持上万节点的并发处理,确保计算任务顺利高效执行。在存储方面,平台通过智能冷热数据分层管理机制,为高频访问的数据配置高性能缓存层,同时自动将低频数据迁移到低成本、高容量存储系统中,整体实现存储性能提升的同时,有效降低运营成本达30%以上,实现效率与成本的最优平衡。
高效计算能力推动基因组与蛋白质分析迈入新时代
某生命科学研究院自主研发的 Cyclone 三代测序技术,凭借其超长读长优势,成为复杂基因组解析、结构变异检测及甲基化直接分析等前沿研究的重要技术基础。然而,这类技术因单样本原始数据量庞大、解析算法复杂,对底层算力与存储系统的性能提出了极为严苛的要求。
依托生命科学数据分析平台搭建的蛋白结构预测工具,采用深度学习模型融合进化信息(MSA 多序列比对),引入 Pairformer 模块和扩散网络结构,显著减少了对多重序列比对的依赖。该工具利用生成式扩散方法预测原子坐标,能够精准解析蛋白质、DNA、RNA、小分子配体等生物分子的三维结构及其相互作用。平台单月即可完成数千万次蛋白结构预测,彻底颠覆了传统方法在效率与精度上的局限。然而,这种高通量、大队列的分析模式,也对基础设施的算力支撑与弹性调度能力提出了更高要求,尤其是在面对大规模并发任务时,亟需强大的底层架构保障。
为满足这些挑战,某生命科学研究院携手火山引擎与 AMD,共建了百万核级超厚资源池。该资源池不仅能够高效支持多个蛋白质分析任务的并行调度,还实现了每分钟十万核级别的弹性资源调度效率,从算力申请到资源交付全程响应时间控制在秒级,精准匹配科研任务的动态需求。平台以百万级弹性算力为核心支撑,三方还联合在固件、内核、虚拟化及操作系统等多个层级展开优化,实现技术能力贯穿分析全流程。
突破存储与算力限制,支撑科研与产业转化
在基因组与蛋白质数据分析等大规模计算场景中,存储带宽往往成为关键瓶颈。单个项目可能需要调度数千个计算 Pod,每个 Pod 对核心数据文件的读取速度要求达到10MB/s以上,大规模并行读写操作极易引发存储性能瓶颈,从而拖慢分析进度,影响大型队列研究的整体效率。
以某生命科学研究院为代表的科研机构,在开展基因组重测序与蛋白质分析等业务时,常面临如下两大核心挑战:
- 算力波动性:多组学分析任务通常需并行处理数万个样本,瞬时计算资源需求可达十万核级别,对算力的弹性调度能力提出极高要求。
- I/O 限制:在大规模并行计算过程中,数千个计算单元同时访问核心数据,极易造成存储带宽瓶颈,限制整体计算效率。
为应对这些挑战,某生命科学研究院选用火山引擎的AMD g3a 实例作为核心分析平台的基础设施。
- 弹性算力扩展:依托火山引擎构建的百万核级 AMD 资源池,平台实现了每分钟调度十万核的弹性效率,灵活适配科研任务的高峰期与低谷期。
- 高性能缓存机制:利用 AMD 实例的强大 CPU 内存缓存能力,将高频访问数据缓存至内存中,有效减少对后端存储的重复读取,从根源上缓解 I/O 带宽压力,确保数千个计算单元高效协同。
通过这一技术优化,平台不仅全面适配大规模并行计算需求,确保数千 Pod 协同运行无卡顿,更进一步释放了研究院在测序领域的技术优势。平台具备超低重复率、高精度变异检测能力及优异的罕见突变识别表现,同时支持 FFPE、单细胞、血液等多种样本类型,建库与测序成功率始终保持在高位。凭借算力平台与测序技术的深度协同,该平台为医学科研提供更加高效、稳定、精准的全流程支持,助力科研人员加速突破技术壁垒,快速产出核心研究成果。
依托 AMD 实例提供的强大算力支撑,某生命科学研究院的生物信息分析平台得以充分发挥其技术潜力,为医学科研提供更高效、稳定和精准的一站式解决方案。